Le séquençage de l’ADN : Pour un portrait plus diversifié des moisissures

Les moisissures dans l’air peuvent causer des problèmes respiratoires à de nombreux travailleurs. Pour assurer leur santé et leur sécurité, il est parfois utile de quantifier et d’identifier les substances fongiques présentes. Il est possible de se référer à la méthode d’identification traditionnelle, soit la culture en laboratoire, mais comme elle s’effectue dans un environnement contrôlé et sur un substrat spécifique, les conditions de croissance ne sont pas optimales pour toutes les familles de moisissures. Certaines prolifèrent, d’autres non.

Afin d’établir une description plus diversifiée des moisissures présentes dans l’air, Hamza Mbareche, étudiant au doctorat en microbiologie à l’Université Laval, a axé ses travaux de recherche sur le développement de méthodes moléculaires.

« Pour mieux évaluer les risques auxquels sont exposés les travailleurs, il demeurait impératif d’obtenir des profils fongiques plus exhaustifs. Mon étude a porté sur l’utilisation des technologies de séquençage de l’ADN de nouvelle génération. Il s’agissait de développer une méthode pour identifier quelle région dans le génome des moisissures serait idéale pour étudier leur diversité, identifier le plus de moisissures présentes dans un environnement, évaluer la concentration de certaines moisissures d’intérêt, pour finalement mieux caractériser la nocivité d’un milieu de travail », mentionne le doctorant.

L’approche scientifique

Après avoir mené des études bibliographiques sur les approches adoptées pour identifier les moisissures dans divers environnements (marin, terrestre, etc.), Hamza Mbareche a sélectionné les régions ITS1 et ITS2 du génome pour examiner la diversité de moisissures des bioaérosols.

Les travaux expérimentaux ont alors débuté. Des échantillons d’air ont été prélevés dans trois environnements de travail : des sites de compostage, des usines de biométhanisation et des fermes laitières. Les étapes d’extraction, d’amplification et de séquençage de l’ADN, ainsi que le développement d’une méthode d’analyse bio-informatique ont suivi.

Des résultats prometteurs

L’application des méthodes moléculaires a permis d’élargir le spectre d’identification des moisissures. L’analyse indépendante des régions d’intérêt a révélé une richesse et une diversité de moisissures pour ITS1. Toutefois, la comparaison des profils taxonomiques permet d’obtenir des résultats d’identification différents d’ITS1 et d’ITS2. « Afin d’obtenir un profil de moisissures s’apparentant le plus possible à la réalité, je recommanderais l’utilisation d’ITS1 et d’ITS2. Toutefois, dans le cas où une seule approche serait envisageable, je préconiserais l’utilisation d’ITS1 », précise Hamza Mbareche.

Le doctorant a également mené une étude comparative de la méthode de culture traditionnelle versus les méthodes moléculaires. Il en a conclu que même si ces dernières permettent d’obtenir un profil plus exhaustif des moisissures, la méthode traditionnelle demeure pertinente puisqu’elle procure des informations différentes.